《神秘岛》讲述了一个水手、工程师等五人和小狗托普因一次遇难来到林肯岛，他们团结一致，不惧危险，共渡难关，多次被神秘人尼摩艇长帮助后，终于回到了家乡的故事。
自从来到岛上，五人寻遍了许多地方，也没能找到合适的住所。于是，精明能干的工程师在岩壁上炸开了一个大大的洞穴——花岗岩石宫，他们把里面分成几个房间和仓库，寒冬来临，五人再也不惧怕呼啸的寒风和大雪了。
小伙子赫伯特偶然中发现了一粒小麦种子，根据分析，这粒种子有很大几率活下来。慢慢地，他们可以自己种小麦吃面包了。此外，他.0279.NeT们还驯服了叫杰普的聪明大猩猩，还将野生的羊，鸽子等动物聚集到一起，交给纳布饲养。
一天，他们发现了一只漂流瓶，在神秘人的帮助下，救出了一个被“邓肯”号流放到达抱岛12年，叫艾尔通的罪犯。经过忏悔，他成为了大家亲密无间的好朋友，还协助五人连连击退了海盗。
火山喷发了，他们最后才解开神秘人的真相，尼摩艇长看中了他们团结一心的品质，才选择帮助他们。整个岛屿即将爆炸。在这危急关头，“邓肯”号履行了自己12年之后来接艾尔通的诺言，来到了岛屿，将艾尔通和五个遇难者接回了自己的国家。
