有一个叫尼尔斯的小男孩，生性调皮捣蛋，不爱学习读书，有一天他捉弄小狐仙，被小狐仙一气之下变成了一个拇指大的小人儿。
他站在家里院子里，鸡鹅嘲笑他，大黑猫把他摔倒在地，前爪按住他的胸口，对着他的喉咙张开了大嘴，爪子甚至穿透了他的背心和衬衣刺进了他的皮肤，牛棚中的牛控诉他。
正在这时，空中飞了一群大雁，尼尔斯家里的白鹅很想飞到天上，尼尔斯让妈妈难受让他留下最后白鹅上了天。
当他问家里打黑猫小狐仙住什么地方的时候，大黑猫没有理他，并把它摔倒在地，跳到他身上，前爪按住他的胸口，对着她的喉咙张开了大嘴，爪子甚至透了他的背心和衬衣刺进了他的皮肤。
起初，尼尔斯对雁群傲慢无礼，令大雁首领阿卡很反感，不愿意带着他飞行。但是尼尔斯从狐狸的斯密尔的口中救出来小灰雁邓芬后，领头大雁阿卡极为感动，决定带着他横穿瑞典，飞往要去的地方。在旅途中，尼尔斯帮了雁群很多忙，阿卡也越来越信任尼尔斯。
在隔离敏的大楼里，灰老鼠企图占领黑老鼠的大谷仓，尼尔斯加入保护黑老鼠大楼的行动中，他吹奏一只小口哨儿，让灰鼠们最终离大谷仓愈来愈远，这一举动，让燕群个更加信任尼尔斯。
在大雁安卡帮助下，尼尔斯来到了库拉山参加鹤之舞表演.0279.nEt大会，在舞会上，尼尔斯发现坏狐狸斯密尔再次捕捉大雁，斯密尔因触犯了大会规则而被狐狸家族赶走。狐狸私密尔为了报仇，在大会结束后仍追踪大雁们，并多次唆使紫貂，水懒伤害大雁，但由于尼尔斯的帮忙都没有得逞。
在蓝岛，尼尔斯帮助受伤的小灰雁邓锋恢复了健康，使邓芬加入旅行的大雁队伍。狐狸斯密尔威胁大雁交出尼尔斯大雁，阿卡说愿意为尼尔斯献出自己的生命。乌鸦。全解带了，尼尔斯杀死了坏乌鸦，逃脱了斯密尔的追杀，与大雁，阿卡和雄蛾会合。
他们躲到了一家农舍，在农舍里面丝帮助安顿着念，以这的老妇人，随后尼尔斯继续跟随大雁旅行，并在小卡尔斯岛上帮助羊群赶走狐狸，在地狱洞里保护雄鹅就了放鹅姑娘奥萨。在与雁群生活了多日以后，尼尔斯与大雁建立了深厚的情感，也明白了很多做人的道理。
这时他不禁有些想念父母，正在他犹豫沮丧的时候，无意间听到了两头猫头鹰的对话。得知，只要自己安全把大雄鹅送回家，就可以恢复原样。
当尼尔斯回到家时，父母却不知情地把他的朋友抓了起来，尼尔斯勇敢地站出来解救了雄鹅出来将事情的来龙去脉告诉了父母，这时，小狐仙原谅了他，淘气的尼尔斯恢复了原貌，并且变成了一个勇敢、善良、有责任心、乐于助人、懂事的好孩子。
